首先，我們需要先說明一下超純水的特性!
我想大家都會同意「水」是超級溶劑(universal solvent)，所以即使處理過的自來水中也會含有科學實驗上所不能容忍的千萬種雜質。因此我們都會用最先進的技術來純化水質，它的名字叫做「超純水」。
當這種極端純淨的水從超純水系統流出來的瞬間，即刻開始與其接觸的環境產生溶解反應。我們戲稱這種水為「hungry water」。它會從空氣中吸收雜質，如懸浮粉塵，揮發性有機物VOC以及微生物等。 也會從容器中吸收化學溶出物來，包含有機或無機物在ppb的層級上。還有它又與空氣中的二氧化碳發生變化，對已經純化成超純水而言，二氧化碳→碳酸所帶來的酸化是無法阻擋的。雖然空氣中二氧化碳的濃度不高，只有0.038%(380ppm)，卻能與水產生化學反應如下：
CO2(g)+H2O(l) ↹H2CO3(l)
碳酸是一種弱酸(Ka1=4.3×10-7)，但由於超純水中已無任何主導性(dominant)的相對強酸，強鹼，共軛酸，共軛鹼的情況下，碳酸是唯一的弱酸，也是主要[H+]離子的來源。
因為水中的離子濃度持續增加，所以電阻抗值持續下降，通常，在一小
時之內，電阻抗值會由18.2MΩ.cm下降至4MΩ.cm以下，過程中水中的總離子濃度提高到4.5倍以上。
超純水(二次水)不能隔夜儲存的四大理由
1.隔夜後18.2MΩ.cm的超純水電阻抗值會掉至1MΩ.cm，主要是空氣中二氧化碳溶解後造成的碳酸根離子濃度使得水質變差。
2.pH下降也是由碳酸造成，pH會在隔日降到5.7以下。
3.超純水中有機物濃度會增加，會從標準的10ppb在隔日後升到30ppb以上，原因有二，一是來自於超純水所接觸的空氣， 一是所接觸的容器材質。
4.容器的微生物 (十億級) 污染，也造成其代謝物或生成物的污染，如內毒素(endotoxin), RNase，DNase或其它微生物來源的酵素。
有關高壓滅菌超純水的討論
如果將超純水做高溫滅菌(autoclaving),其正面效益是徹底殺菌，並能降低部分污染性酵素的活性， 但負面效應包括：
a.離子濃度增加(阻抗值不如逆滲透水),並有硼酸鹽污染的疑慮 (污染源來自於Pyrex玻璃的主成份注)。
b.高壓滅菌後的有機物污染會升至50ppb以上。
c.不怕高壓滅菌的內毒素濃度會因微生物的分解而升高。
d.水中的懸浮顆粒會升高。
注：根據National Institute of Standards and Technology的定義，硼酸玻璃 (borosilicate Pyrex)的主成份是：14% 硼 / 51% 氧 / 3% 鈉 / 1% 鋁 / 38% 矽及小於 1% 鉀。
潛在的敵人 ………菌膜(biofilm)
Biofilm是由微生物所分泌的黏液所聚集在生物或非生物的表面，例如：牙垢，河床石頭上濕滑的軟泥，裝水兩星期的容器內部表面等等。
任何接觸水的表面都會形成 Biofilm 所有的純水系統,99%以上都會有微生物在水系統內部表面形成Biofilm的方式繁殖。
Biofilm來源是許多自來水中微生物，部分會感染實驗動物或導致發病，或產生內毒素及各種分解性酵素。自然界的微生物99%都會以biofilm的方式生存，其生存策略如下：Biofilm的微生物細胞璧外部具有絨毛狀的Polysaccharide（多醣體聚合物），有助於黏附在物體表面，可濃縮養分並保護細胞不容易被各種殺菌方式毀滅，所以微生物在物體表面形成Biofilm是一種生存機制，其生存優勢如下：
1.利於攝取養分，微量養分或有機物在物體表面濃度較高，而微生物體外具黏性Polysaccharide（多醣體聚合物）使得養分更集中。
2.微生物和微生物間的代謝物可以互相利用，並且許多酵素或生化反應互相合作，形成共生體系。
3.抵抗各種消毒殺菌的效力，微生物形成Biofilm可以增加抵抗氯氣(及其他殺菌劑)的殺菌力，相較於懸浮的微生物多150~3000倍,通常殺菌都作用在Biofilm的表面，其殺菌(氧化)能力通常只達到表面，而微生物並非增加抵抗氯氣的能力，而是在表面利用Polysaccharide（多醣體聚合物）形成了保護罩(殺菌劑不易穿透)，並且在使用殺菌劑之後，沒被殺死了微生物會分泌更多細胞外聚合物來保護自己。
超純水儲存前後的變化
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（1）放置在一般透光性的20公升儲桶時。
結論
從上述不可逆現象看來，超純水最好能現場使用。
任何方式的貯存，除了會有容器本身造成的污染外，開放下(open air)的灰塵/揮發性有機物/微生物等污染是無法抗拒的，並且污染程度與時間成正比關係。
最後要注意的是，久存的超純水，TOC(有機物)及微生物也都會有快速升高的隱憂，所以建議當使用超純水時，還是希望能夠「現取現用」最好!!
如要使用真正的超純水，就要與時間賽跑 !
純水儲槽本身就是嚴重的污染源：微生物 / 內毒素 /有機物 / 無機鹽類 / RNase / DNase等。